بالرغم من صغر سنه، يتمتع أوياما بمعرفة تضاهي معرفة البالغين. ولذلك، غالبًا ما يتعرض لمضايقات زملائه في الفصل. كما أنه معجب بامرأة ودودة التقى بها مؤخرًا في عيادة أسنان. في صباح أحد الأيام، بدأت طيور البطريق بالظهور بشكل غامض في حيه. لا أحد يعرف من أين أتت وكيف وصلت إلى هناك. عزم أوياما على معرفة المزيد، وانضم إلى حبيبته الجديدة في البحث عن طيور البطريق.
مع مرور الوقت، يكتشفان كرة تطفو في الهواء أطلقا عليها اسم "البحر". كل ما يدخل البحر لا يعود منه، والوحيد الذي يستطيع تدميره هو طيور البطريق. ومع ذلك، يحدث أمر مرعب عندما...
يتتبع فيلم "طريق البطريق" رحلة أوياما والمرأة في البحث عن أصل طيور البطريق الغامضة، بالإضافة إلى الصعوبات العديدة التي يواجهها أوياما خلال تحقيقه.