مرت سنوات عديدة منذ أن خاض ناوتا وهاروهارا هاروكو مغامرتهما معًا. في هذه الأثناء، تدور رحى الحرب بين الكيانين المعروفين باسم "ميديكال ميكانيكا" و"فراتيرنيتي" في أرجاء المجرة. تدخل هيدومي، فتاة مراهقة تعتقد أنه لا يوجد ما هو مميز في حياتها العادية، إلى أن تصل معلمة جديدة تُدعى هاروكو إلى مدرستها. وسرعان ما تهاجم "ميديكال ميكانيكا" بلدتها، فتكتشف هيدومي سرًا بداخلها قد ينقذ الجميع، سرًا لا تستطيع كشفه إلا هاروكو.